论文检测系统性能评估的方法包括：1.性能指标评估，如准确率、召回率、F1值等；2.系统功能测试，检查系统是否满足需求；3.负载测试，测试系统在不同负载下的表现；4.安全性评估，保障系统安全性。综合这些方法可以全面评估论文检测系统的性能。

在论文检测系统性能评估中，还可以采用模拟实验、用户调查等方法。模拟实验可以模拟系统在不同环境下的表现，用户调查可以了解用户对系统性能的评价。这些方法可以帮助评估系统在实际使用中的表现，为系统改进提供参考。